美国篮球协会（ABA）时代：达拉斯 / 德克萨斯矮树丛（1967−1973）
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主条目：达拉斯矮树丛（英语：Dallas Chaparrals）
1967年，在身兼教练和队员的克里夫·哈根的带领下，创建达拉斯矮树丛（Dallas Chaparrals），为圣安东尼奥马刺的前身，并开始参加美国篮球协会（ABA）的联赛。球队在ABA的第二个赛季令人有点失望，球队以41胜27负的平庸战绩，在季后赛中很快就输给了纽奥良海盗（英语：New Orleans Buccaneers）。受糟糕的战绩影响，球队甚至希望离开达拉斯。
篮球运动在达拉斯当地并不普及，甚少有人感兴趣，球迷进场率一直呈低迷状态。事实上在1970–71赛季（英语：1970–71 ABA season）开始前，球队就已经想把队名改成“德克萨斯”，同时也想让球队迁至德克萨斯州拉伯克的塔兰特郡体育馆（英语：Fort Worth Convention Center），以便在德克萨斯州全境推广篮球运动。然而事后证明这项举动是失败的，球队在1971–72赛季（英语：1971–72 ABA season）再度迁回达拉斯，并分别在穆迪体育馆（英语：Moody Coliseum）和达拉斯会议中心球馆（英语：Kay Bailey Hutchison Convention Center）完成整个球季。[1]
来到圣安东尼奥（1973−1976）
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在美国篮球协会的达拉斯矮树丛队在球场上的表现非常出色，但他们同时也在为球队的第三个赛季寻求资助。当1972-1973 赛季球队首次错过季后赛时，几乎所有的球队投资方都想要放弃，后来只好先行租借两年给圣安东尼奥的36 名投资者，以 Angelo Drossos、B.J. “Red”McCombs、John Schaefer、Art Burdick 居首，成立了“职业运动公司（Professional Sports, Inc.）”，总共募集了 78 万美金，在 1973 年 4 月 9 日， 正式的以租借方式拥有了这支濒临财务危机的球队，并把它搬到圣安东尼奥。后来公开投票结果确定新队名为极具德州特色的“马刺”（Spurs）。马靴上的马刺是每位牛仔的必备品。
加入NBA：乔治·葛文时代（1976-1985）
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1976年，ABA被NBA兼并，马刺队也加入了NBA联盟。在ABA绅士队又因财务困难把当时仅22岁的“冰人”乔治·格温，交易到马刺队以换取22.5万美金。
乔治·格温替马刺共十一个赛季，也成为队史的第一个超级巨星。球队进攻主力的冰人，分配球权得宜的詹姆斯·希拉斯，还有禁区好手S. Nater。这三位组成的三剑客在当时可说是打遍天下，不过仍无法得到总冠军。
ABA合并NBA后冰人一直为马刺效力，直到1985年生涯最后一年才被交易到芝加哥公牛队。
低潮（1985-1989）
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1985年 乔治·格温宣布加盟芝加哥公牛队，马刺队失去主力，当年只打出28胜54负的战绩。
海军上将归来（1989-1997）
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1989年，大卫·罗宾森结束服役两年的军旅生涯，并回归马刺队，在生涯第一季24.4分、12篮板和3.9火锅的绝佳表现，并帮助进步至35胜，之后至1996年带队连续六年的季后赛。
海军上将受伤，因祸得福（1996-1998）
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1996－97赛季，大卫·罗宾森因伤只出赛六场，让马刺队的战绩一落千丈，只有20胜62败，却因祸得福，得到状元签，迎来提姆·邓肯。因两人的年龄差距，还有海军上将温和的个性，二人的双塔更为有威胁性。
1997－98赛季，因新秀提姆·邓肯的好表现，使马刺队突飞猛进，大幅成长了36胜，并得到最佳新秀奖。
提姆·邓肯与大卫·罗宾逊时期（1997-2003）
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1999年，NBA联盟因为劳资纠纷，首次停摆封馆，马刺队进行整顿和阵容改变。并在例行赛开打后，战绩领先群雄，最后夺下NBA总冠军，为队史第一座总冠军奖杯，邓肯和罗宾逊称为夺冠功臣。
GDP组合（2003—2014）
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马刺三巨头 提姆·邓肯 东尼·帕克 马努·吉诺比利
2003年，大卫·罗宾逊退役。很多人担心马刺皇朝就此结束。但是，在提姆·邓肯坐镇禁区，加上马纽·吉诺比利带领的后备群，及托尼·帕克日渐成熟。由他们所组成的“GDP”（G：马纽·吉诺比利，D：提姆·邓肯，P：托尼·帕克），于2003、2005、2007年三夺NBA总冠军，被称为奇数年夺冠定律。
2010-2011赛季：黑八之痛
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2010-2011赛季，马刺在赛季一开始的时候丰富了自己的打法，改变了以往的慢节奏，而高举进攻大旗，这也使得马刺一路高歌猛进，在整个赛季的大部分时间里都稳居全联盟第一的宝座，直到最后几场常规赛才被风城玫瑰德里克罗斯领衔的芝加哥公牛队超越。在季后赛首轮中，马刺遭遇了以扎克兰多夫为首的孟菲斯灰熊，灰熊队除了拥有超强的内线组合：扎克·兰多夫和马克·加索尔之外，还有为梦九队在2010年土耳其篮球世锦赛上拿到金牌的前锋-鲁迪·盖伊和曾在掘金队比赛砍下40分的后卫-O.J.梅奥。以及来自伊朗的外援-哈马德·哈达迪和来自委内瑞拉的外援-格雷维斯·瓦斯奎兹，再加上从火箭队回归的防守尖兵-肖恩·巴蒂尔，让老球队几乎不可阻挡。而马刺队的蒂姆·邓肯和安东尼奥·麦克戴斯已经是征战联盟多年的老将了。
在整个系列赛中，灰熊在内线一直占有优势。马刺对着灰熊完全没有办法，马刺队在季后赛三分投篮率、罚球命中率都失准，灰熊队则掌握全场速度、球员年轻化、年轻球员体力佳的新奇战术，在不被所有美国职篮专家看好的情况下，从而4-2战胜拥有GDP组合的西部第一马刺队。而扎克·兰多夫最后一节独取17分，最后时刻连续命中高难度进球，成为帮助灰熊完成黑八奇迹的最大功臣。队中的安东尼奥·麦克戴斯也因为伤病过多，没有拿到总冠军戒指就宣布退役。
2011-2012赛季
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2012年，由于赛季前的劳资谈判未能达成一致，比赛缩水成66场，马刺以50胜16败的西区第一进入季后赛，一开始火力全开，横扫爵士和快艇杀进西区决赛，遇上年轻的雷霆队，以2比4落败无法闯进总冠军赛。
2012-2013赛季：总决赛首度在奇数年失利
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主条目：2013年NBA总决赛
2013年，在季后赛中，分别以4-0、4-2、4-0战绩，淘汰洛杉矶湖人、金州勇士和曼斐斯灰熊，取得西区冠军，进军总决赛。于战绩不及迈阿密热火下在总决赛最后一年实行2-3-2赛制下首度获得连续三个主场作赛的优势。
6月12日，总决赛第三场，以113：77击败热火，马刺队在本场全队投进16个三分球，创总决赛记录。
6月19日，总决赛第六场，加时以100：103败给热火，马刺队在本场第4节最后半分钟被公认为是波波维奇犯下重大致命失误，在邓肯不在场的情况下被热火投进两颗续命三分球，使马刺队错失近在手里的总冠军奖杯；两天后第七场又因邓肯在最后时刻连续错失两次近距离出手，最终以88：95败给热火，以场数3比4无缘总冠军，这也是马刺队史首度在总决赛落败。
坦克球队（2014−2016）
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第五次总冠军和邓肯退役
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2013–14赛季，马刺除了将盖瑞·尼尔（英语：Gary Neal）送往密尔瓦基公鹿，以及新加入了自由球员马可·贝里纳利和杰夫·艾尔斯（原名为杰夫·潘德格拉夫）之外，核心名单基本上并没有太大异动。本季马刺队以62胜的战绩夺得全联盟最佳战绩，展开“救赎之旅”。其中2月和3月马刺连续取得十九连胜。在季后赛的第一轮比赛中，虽然八号种子达拉斯独行侠一度严重威胁到马刺队的晋级，马刺仍在决定性的第七战取得最终胜利。第二轮马刺对上波特兰拓荒者的系列赛中，提姆·邓肯正式超越犹他爵士名宿卡尔·马龙，成为季后赛历史总得分榜第五名。晋级西区决赛后，马刺成功一雪前耻，顺利淘汰俄克拉荷马城雷霆，连续第二年晋级总决赛，与卫冕冠军迈阿密热火再次碰头。这也是自1997至1998年芝加哥公牛与犹他爵士之后，联盟再次出现连续二年同一组合对决的情况。最终马刺以4−1彻底粉碎热火寻求三连霸的野心，夺得队史第五座总冠军，这也是马刺首度在偶数年夺冠。科怀·雷纳德因其出色的比赛表现而以22岁之姿拿下总决赛最有价值球员此殊荣，是继魔术强森和队友邓肯之后最年轻的纪录。[2]在2014年NBA选秀大会中，马刺选择了来自加州大学洛杉矶分校的前锋凯尔·安德森。
在休赛期间，马刺队宣布聘请前国家女子篮球协会（WNBA联盟）球员贝姬·哈蒙作为球队的助理教练，成为美国四大职业体育联盟第一位女性全职助理教练。[3]
2014–15赛季是一个起伏不定的赛季，但是马刺依然在例行赛中取得了55胜27败的战绩，排名西区第六名，再次取得季后赛资格。马刺于季后赛第一轮面对洛杉矶快艇，率先以3−2领先进入第六场比赛。然而快艇却将战事推到第七战，并出乎预料以4−3淘汰马刺。使得马刺成为自2011–12赛季的达拉斯独行侠以来，第二支在季后赛首轮被淘汰出局的卫冕冠军。
马刺在休赛期收购了成为自由球员的四届全明星大前锋拉马库斯·艾德里奇和老将大卫·卫斯特，并提供成为受限制自由球员的科怀·雷纳德一份顶薪合约，同时也续约了丹尼·格林。虽然失去了狄亚戈·史普利特、马可·贝里纳利，阿隆·贝恩斯和科里·约瑟夫。但制服组马上向沙加缅度国王交易来替补控卫雷·麦卡勒姆、塞尔维亚中锋博班·马扬诺维奇、麦特·邦纳以及签下奥斯汀马刺的乔纳森·西蒙斯。最终马刺以67胜15败的战绩完成了2015–16赛季例行赛，同时也取得西南组冠军。当众人都将目光放在卫冕军勇士身上，马刺维持一贯的低调作风，写下不少纪录。2015年11月2日，马刺客场95−87战胜波士顿塞尔提克，马刺三巨头在例行赛的胜场数达到541场，正式超越前塞尔提克三人组（拉里·伯德、凯文·麦克海尔以及罗伯特·派瑞许）所保持的540场。在季后赛期间，马刺于第一轮横扫了曼菲斯灰熊，但却在第二轮不幸败给了俄克拉荷马城雷霆。尴尬地成为自2006–07赛季的达拉斯独行侠以来，第二支以67胜结束例行赛却在决赛前被淘汰出局的球队。[4]
2016年7月11日，邓肯宣布退役，结束其在马刺的十九年职业生涯。[5]
科怀·雷纳德的领袖挑战（2016−2018）
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在2016–17赛季，尽管核心球员邓肯退役，但由逐渐成长的主将雷纳德领衔的马刺依然是争夺总冠军的劲旅，马刺在季后赛的前两轮依序淘汰曼菲斯灰熊和休士顿火箭。然而在西区决赛第一场比赛的第三节，雷纳德在一次投篮后遭到金州勇士中锋扎扎·帕楚利亚疑似恶意的垫脚，导致其脚踝不慎扭伤，伤势严重到必须缺席剩馀的比赛，赛季无可避免地要提前完结。[6]失去了雷纳德、东尼·帕克和大卫·李等主力球员的马刺在西区决赛中被金州勇士4−0横扫。[7]休赛期间，马刺续约了多位主力球员拉马库斯·艾德里奇、保罗·盖索以及帕特里克·米尔斯，并签下了伤愈复出，亟欲找回身手的自由球员鲁迪·盖伊，但马刺也因此失去了大卫·李、德韦恩·戴德蒙和乔纳森·西蒙斯，造成马刺在2017–18赛季产生锋线球员不足的问题。
马刺的危机
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马刺的新核心雷纳德在上一季已经充分证明自己的实力与身价，不料在2017–18赛季却传出雷纳德右股四头肌受伤，将无限期休战的消息。部分球迷对于马刺的未来感到忧心，担忧马刺的季后赛纪录可能因此中断。于是总教练格雷格·波波维奇转而以上一季因季后赛表现不佳而饱受批评的拉马库斯·艾德里奇为雷纳德归队前的建队核心，却意外让他重拾昔日身手与自信，加上由第六人鲁迪·盖伊带领的替补群，以及主力控卫德琼泰·莫瑞日渐成熟。在雷纳德缺席的十几场比赛中由艾德里奇带著一批老将、年轻球员组成的阵容出赛，取得了大约六成的胜率。
2017年10月19日，马刺于开幕战中对上夏天因获得吉米·巴特勒和杰夫·蒂格而大幅升级阵容的西区新兴劲旅明尼苏达灰狼，尽管阵中少了科怀·雷纳德和东尼·帕克两位大将，但是此战中，艾德里奇21投9中，攻下25分、10篮板、4助攻以及2阻攻，帮助马刺以107−99拿下胜利，取得赛季的第一胜。2017年11月8日，马刺击败踢馆的洛杉矶快艇取得三连胜；此次胜利也让AT&T中心成为自2002–03赛季正式启用以来联盟第一座取得500胜的球馆。
在一月初，雷纳德经过复健后曾短暂复出，但仅出赛九场便再度无限期进入伤兵名单。当ESPN记者询问他伤势是否还未完全复原时，雷纳德明确回答说：“是的！不然我怎么会没有上场？人们都期待长期关系，而我待在这里时间并不长。我在这里六年，马刺存在的时间比这个长多了，大家必须先理解这一点。”此后，雷纳德不再接受采访，也不回复电子邮件，甚至在马刺的比赛中也不曾现身。尽管雷纳德复出无望，但在艾德里奇的带领下，马刺顽强的取得了42胜30败的战绩，与纽奥良鹈鹕并列西区第五名的马刺也成为全美四大职业运动当中，第五支能够创下连续二十一个赛季胜率过半的球队，（前四队分别是美国职业棒球大联盟的纽约洋基，以及国家冰球联盟的蒙特利尔加拿大人、波士顿棕熊与底特律红翼）。
2018年4月3日，快艇在客场以113−110击败了马刺，使球队吞败后战绩来到45胜33败，西区排名下降至第五名，且由于赛季仅馀四场比赛，也就此确定无缘延续单季50胜的纪录。马刺过去队史连续十八个赛季皆缴出至少50胜成绩，更难能可贵的是，其中2011–12赛季尽管因封馆（英语：2011 NBA lockout）因素而缩水为66场，球队照样达到50胜门槛（该季马刺取得50胜16败的战绩）。最终马刺以47胜35败的战绩结束了例行赛，虽然于季后赛首轮被卫冕冠军金州勇士淘汰，但拉马库斯·艾德里奇、东尼·帕克和马努·吉诺比利作为球队领袖的拼战精神令人动容。赛季结束后，艾德里奇入选了年度第二队，[8]而控球后卫德琼泰·莫瑞也被提名入选年度最佳防守阵容第二队。[9]
重新换血的马刺（2018−至今）
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2018年6月，在雷纳德团队与马刺之间因为伤病康复过程存在分歧而引发的紧张局势持续了数个月后，雷纳德铁了心要求交易自己，并表达了希望加盟洛杉矶球队的意愿[10]。
2018年7月6日，东尼·帕克离开效力了十七年的马刺，为寻求更多表现机会而转与夏洛特黄蜂签约[11]。
2018年7月18日，雷纳德和队友丹尼·格林被交易至多伦多暴龙，以换取德玛尔·德罗展、雅各·伯尔特和一个受保护的2019年首轮选秀权（前二十顺位保护）。[12]倘若对比整年雷纳德不愿替球队出赛，马刺几乎可说是凭空多了一位全明星后卫与堪用的替补中锋，不仅让马刺重新回到正轨，也让球队再次成为西区强权之一。
2018年8月27日，马努·吉诺比利对外宣布退休，结束其十六年的职业生涯，马刺“三巨头”时代亦正式结束。马刺在一个夏天内同时失去两名总冠军赛最有价值球员，且丹尼·格林和凯尔·安德森的转队亦让马刺的防守质量降低[13]。虽然失去多名重要球员，但交易雷纳德所换来的德罗展具有独力进攻的能力，让新赛季的马刺不用再只靠艾德里奇一人撑起进攻重担。在上季联盟出手超过1,300次的球员中，只有七名球员的投篮命中率达45%，而德罗展与艾德里奇正是其中两位，两人的合作有望为上季进攻效率值仅排名联盟第十七名的马刺带来改变。
2019年3月29日，马刺娱乐与运动公司宣布Peter John Holt和Corinna Holt Richter将正式接任Julianna Hawn Holt和Peter M. Holt在董事会中的角色。新上任的Peter J. Holt除了是集团总裁，也将兼任执行长角色。
在2019年3月31日火箭在主场119-108战胜国王的比赛后，马刺锁定了2018-2019赛季的季后赛资格。加上本赛季，马刺已经连续22年进入季后赛，追平了NBA历史第一长的连续季后赛纪录（费城76人的前身雪城国民队曾在1950年-1971年间连续22年进入季后赛）。
2019年4月1日，国王在客场以113-106战胜马刺。在拿下本场比赛的胜利之后，马刺也终结了自2013年3月1日主场战胜国王起的客场对阵国王的11连胜．也是第一次被国王队横扫。
2018-19球季，马刺以48胜34败的成绩，西区第7种子的身分前进季后赛，对上第2种子的丹佛金块。双方需进行系列赛第七战才分出胜负，结果马刺以86：90惜败，球季宣告结束。
马刺助教Messina将成为欧洲球队米兰奥林匹亚的总教练。
2019年7月22日，邓肯被宣布为马刺的助理教练。[14]
2020年8月13日，凤凰城太阳128：102大胜达拉斯独行侠，曼斐斯灰熊119：106大胜密尔瓦基公鹿，马刺确定终结平联盟联盟22年季后赛纪录（与费城76人并列）。
2019-20球季，马刺以32胜39败的成绩，无缘季后赛。
2020-21球季NBA附加赛，马刺的对手为曼菲斯灰熊，一开赛马刺以抄截、火锅连番伺候灰熊，但命中率却拉不上来，最终马刺以96比100结束赛季连续两年无缘季后赛。
马刺在完成两笔交易案后，持续针对阵容进行调整。根据《The Athletic》记者查拉尼亚的消息，马刺和塞尔蒂克在交易截止日前传出达成交易。具体交易内容如下：塞尔蒂克送出理查森、兰佛德、一个2022年受保护首轮选秀权和2028年首轮选秀权互换权利，从而得到德瑞克·怀特。
2022年4月9日，马刺没利用鹈鹕惨败给灰熊的机会，确定附加赛打鹈鹕。第四节初落后17分的马刺展开反击，在前7分钟打出16比5的攻势，一度将比分缩小到7分差；然而英格伦和瓦蓝邱纳斯及时拿下6分，虽然马刺试图追赶，最后仍是功亏一篑，最终以103比113败给鹈鹕，赛季正式宣告结束。
2022年7月22日，马刺完成了一笔重大的交易案，将本季才入选NBA全明星赛的德琼泰·莫瑞还有乔克·兰德尔交易至亚特兰大老鹰 并获得夏洛特黄蜂的2023首轮签(前16顺位保护)，老鹰的2025非保护首轮签，老鹰的2027非保护首轮签，老鹰2026首轮签互换权，以及达尼洛·盖里纳利(随后被马刺买断)。此交易大致宣告了球队的重建。
2022–23赛季，马刺以22胜60败的战绩无缘季后赛，但在2023年NBA选秀的选秀签抽中状元签，并选中来自法国的未来新星维克托·文班亚马[15]。
2023–24赛季，马刺以22胜60败的战绩，再次无缘季后赛。
2024–25赛季，马刺以34胜48败的战绩，再次无缘季后赛。